Molekulární genetika pro bioanalytiky.

Obálka -- Obsah -- Předmluva -- 1. Historické mezníky v rozvoji molekulární biologie a genetiky -- 2. Lékařská genetika a dědičně podmíněné choroby -- 2.1 Monogenně podmíněné choroby -- 2.1.1 Autosomálně dominantní choroby -- 2.1.2 Autosomálně recesivní choroby -- 2.1.3 Gonosomálně recesivní choroby -- 2.1.4 Gonosomálně dominantní choroby -- 2.2 Chromosomové aberace -- 2.3 Choroby s multifaktoriálním typem dědičnosti -- 2.4 Mitochondriální genetické choroby -- 3. Struktura a funkce nukleových kyselin -- 3.1 Základní informace o struktuře nukleových kyselin -- 3.2 Genofory jako nosiče genetické informace -- 3.3 Funkce molekul RNA v buňce -- 3.3.1 Kódující molekuly RNA -- 3.3.2 Malé nekódující molekuly RNA -- 3.3.3 Velké nekódující molekuly RNA -- 3.4 Gen jako základní jednotka genetické informace -- 3.5 Genové repetice -- 3.6 Genetický kód -- 4. Variabilita lidského genomu -- 4.1 Charakteristika genomu člověka -- 4.1.1 Jedinečné genomové sekvence -- 4.1.2 Repetitivní genomové sekvence -- 4.1.2.1 Tandemové repetice -- 4.1.2.2 Rozptýlené repetice -- 4.2 Faktory podmiňující variabilitu genomu -- 4.3 Koncepce pojmů mutace a genetický polymorfismus -- 4.4 Hardy-Weinbergova rovnováha a vazebná nerovnováha -- 4.4.1 Hardy-Weinbergův zákon -- 4.4.2 Faktory narušující Hardy-Weinbergovu rovnováhu -- 4.5 Typy genetického polymorfismu -- 4.6 Příčinné mutace -- 4.7 Názvosloví příčinných mutací -- 4.8 Vyšetření mutací a genetických polymorfismů -- 4.9 Epigenetické změny v lidském genomu -- 4.9.1 Methylace DNA -- 4.9.2 Methylace DNA a genetické choroby -- 5. Izolace nukleových kyselin -- 5.1 Principy izolačních metod -- 5.1.1 Fenol-chloroformová extrakce -- 5.1.2 Vysolovací extrakční metoda -- 5.1.3 Guanidinová extrakční metoda -- 5.1.4 Extrakce pomocí separačních kolonek -- 5.1.4.1 Adsorpční extrakční mikrokolonky -- 5.1.4.2 Iontoměničové extrakční mikrokolonky.

5.1.4.3 Mikroafinitní extrakční mikrokolonky -- 5.1.4.4 Extrakční kolonky na bázi ultrafiltrace a gelové filtrace -- 5.1.5 Extrakce NK pomocí separačních špiček -- 5.2 Specifické faktory ovlivňující účinnost extrakce molekul RNA -- 5.3 Purifikace molekul DNA a RNA -- 5.4 Charakteristika izolovaných a purifikovaných molekul NK -- 5.5 Archivace extraktů NK -- 5.6 Etické zásady při práci s nukleovými kyselinami -- 5.7 Nejčastější chyby při práci s NK a možnosti jejich prevence -- 6. Reverzní transkripce -- 7. Elektroforéza nukleových kyselin -- 7.1 Používaná separační média -- 7.1.1 Agarosové gely -- 7.1.2 Akrylamidové gely -- 7.2 Přístrojové vybavení pro elektroforézu NK -- 7.3 Vizualizace NK v elektroforetickém gelu -- 7.4 Aplikace vzorků NK do elektroforetických gelů -- 7.5 Kapilární elektroforéza v analýze nukleových kyselin -- 7.6 Klinické použití elektroforézy NK -- 8. Význam klonování pro molekulárně genetické laboratoře -- 8.1 Přehled klonovacích technik -- 8.2 Inserty a vektory používané v molekulární genetice -- 8.3 Příprava rekombinantních molekul DNA -- 8.4 Techniky genového transferu -- 8.5 Testování úspěšnosti molekulárního klonování -- 8.6 Klinický význam molekulárního klonování -- 9. Hybridizační metody v molekulární genetice -- 9.1 Klasifikace hybridizačních technik -- 9.2 Hybridizace na pevném podkladu -- 9.2.1 Southernův přenos -- 9.2.2 Alelově specifická hybridizace -- 9.2.3 Reverzní blotting -- 9.3 In situ hybridizace -- 9.3.1 Fluorescenční in situ hybridizace -- 9.3.2 Klinické aplikace FISH technologie -- 9.4 Výroba hybridizačních sond -- 10. Čipové technologie v molekulární genetice -- 10.1 Dotykový tisk hotových sond (ink jet printing) -- 10.2 Fotolitografická výroba sond na čipu -- 10.3 Bezdotykový tisk sond (ink jetting) -- 10.4 Třídění čipů podle typu vyšetřované NK -- 10.4.1 Expresní čipy.

10.4.2 Čipy pro vyšetření bodových mutací -- 10.4.3 Čipy pro komparativní genomovou hybridizaci -- 10.5 Trendy v oblasti čipové technologie -- 11. Polymerasová řetězová reakce -- 11.1 Polymerasy a polymerasová řetězová reakce -- 11.1.1 Termolabilní polymerasy -- 11.1.2 Polymerasová řetězová reakce -- 11.1.3 Termostabilní polymerasy -- 11.1.4 Katalytické vlastnosti DNA polymeras -- 11.2 Reakční směs k provedení standardní PCR -- 11.3 Reakční prostředí pro PCR -- 11.4 Termocykléry -- 12. Modifikace PCR pro molekulární genetiku -- 13. Real-time PCR -- 13.1 Přístroje pro real-time PCR -- 13.2 Analýza pomocí hydrolyzačních sond -- 13.2.1 Hydrolyzační sondy (TaqMan sondy) a real-time PCR -- 13.2.2 Systém Universal ProbeLibrary -- 13.3 Analýza pomocí hybridizačních sond -- 13.3.1 Hybridizační FRET sondy -- 13.3.2 Hybridizační sondy Molecular Beacons -- 13.3.3 Analýza pomocí sond SimpleProbes -- 13.3.4 Analýza pomocí sond Scorpions -- 13.4 Kvantitativní analýza pomocí real-time PCR -- 13.5 COLD real-time PCR -- 14. Digitální PCR -- 15. Amplifikační techniky založené na jiných enzymových reakcích -- 15.1 Metoda LCR -- 15.2 Metoda MLPA -- 15.3 Metody NASBA a TMA -- 15.4 Metody SDA -- 15.5 Metoda Q-beta replikasové amplifikace -- 15.6 Metoda bDNA -- 15.7 Metoda molekulární inverzní sondy -- 15.8 Metoda LAMP -- 15.9 Metoda MDA -- 15.10 Metoda NEAR -- 16. Analýza restrikčních fragmentů -- 16.1 Restrikční enzymy -- 16.2 Konstrukce restrikčních map -- 16.3 Restrikční analýza v molekulární genetice -- 16.4 Příprava restrikční směsi -- 17. Kontrola kvality v molekulární genetice -- 17.1 Kontrolní vzorky pro vnitřní kontrolu kvality -- 17.1.1 Negativní amplifikační kontrola -- 17.1.2 Pozitivní amplifikační kontrola -- 17.1.3 Inhibiční amplifikační kontrola -- 17.1.4 Vnitřní standardy v molekulární genetice -- 17.1.4.1 Vnitřní standard jako přídavek exogenní NK.

17.1.4.2 Vnitřní standard realizovaný bez přídavku NK -- 17.2 Referenční kontrolní vzorky pro EHK -- 18. Screeningové metody v molekulární genetice -- 18.1 Analýza heteroduplexů na nedenaturačních elektroforetických gelech -- 18.2 Vyšetření heteroduplexů pomocí gradientové elektroforézy -- 18.3 Metoda jednořetězcového konformačního polymorfismu -- 18.4 Screeningová metoda založená na štěpení RNasou A -- 18.5 HRM analýza -- 18.6 Přínos screeningových metod pro molekulární genetiku -- 19. Sekvenování DNA - přehled tradičních sekvenačních metod -- 19.1 První pokusy o sekvenování fragmentů NK -- 19.2 Gilbertovo degradační sekvenování -- 19.3 Sangerovo syntetické sekvenování s dideoxynukleotidy -- 19.4 Automatizace Sangerova sekvenování -- 19.4.1 Sekvenační poloautomatické systémy -- 19.4.2 Automatické sekvenační systémy založené na kapilární elektroforéze -- 19.5 Metoda prodlužování primeru -- 19.6 Pyrosekvenování -- 19.7 Strategie sekvenování při analýze dlouhých úseků DNA -- 20. Technologie sekvenování druhé generace -- 20.1 Příprava knihovny DNA -- 20.1.1 Fragmentace DNA -- 20.1.2 Oprava nezarovnaných konců fragmentů DNA -- 20.1.3 Připojení koncových adaptérů -- 20.1.3.1 Připojení adaptérů pomocí ligasy -- 20.1.3.2 Připojení adaptérů pomocí modifikovaných amplifikačních primerů -- 20.2 Klonální amplifikace sekvenovaných fragmentů -- 20.2.1 Klonální amplifikace pomocí emulzní PCR -- 20.2.2 Klonální amplifikace pomocí bridge PCR -- 20.3 Principy sekvenování druhé generace -- 20.3.1 Technologie 454 -- 20.3.1.1 Stručná historie technologie 454 -- 20.3.1.2 Proces sekvenování pomocí technologie 454 -- 20.3.1.3 Primární zpracování záznamu sekvenování 454 -- 20.3.1.4 Technologické možnosti sekvenování 454 -- 20.3.2 Technologie firmy Illumina -- 20.3.2.1 Stručná historie technologie Illumina -- 20.3.2.2 Průběh sekvenování pomocí technologie firmy Illumina.

20.3.2.3 Primární zpracování záznamu sekvenování technologie Illumina -- 20.3.2.4 Technologické možnosti sekvenování systémů Illumina -- 20.3.3 Technologie Two Base Encoding -- 20.3.3.1 Stručná historie technologie Two Base Encoding -- 20.3.3.2 Průběh sekvenování pomocí technologie Two Base Encoding -- 20.3.3.3 Primární zpracování záznamu sekvenování Two Base Encoding -- 20.3.3.4 Technologické možnosti sekvenování Two Base Encoding -- 20.3.4 Technologie Ion Torrent -- 20.3.4.1 Stručná historie technologie Ion Torrent -- 20.3.4.2 Průběh sekvenování pomocí technologie Ion Torrent -- 20.3.4.3 Technologické možnosti sekvenování Ion Torrent -- 20.3.5 Technologie fluorogenního pyrosekvenování -- 20.4 Analýza sekvenačních dat u zařízení NGS -- 20.4.1 Hodnocení dat a strategie celogenomového sekvenování -- 20.4.2 Hodnocení dat a strategie sekvenování obohacených fragmentů -- 20.4.2.1 Obohacení fragmentů pomocí long-range PCR -- 20.4.2.2 Obohacení fragmentů pomocí microdroplet PCR -- 20.4.2.3 Obohacení fragmentů pomocí hybridizačních sond -- 20.4.3 Hodnocení dat a strategie při sekvenování RNA transkriptů -- 20.4.4 Strategie a význam amplikonového sekvenování -- 20.4.5 Strategie a význam NGS v epigenomice -- 20.5 Nevýhody technologie sekvenování druhé generace -- 21. Technologie sekvenování třetí a vyšší generace -- 21.1 Obecná charakteristika sekvenačních systémů třetí a vyšší generace -- 21.2 Sekvenační zařízení typu True Single Molecule Sequencing -- 21.3 Sekvenační zařízení typu Single Molecule Real Time Sequencing -- 21.4 Sekvenační zařízení založená na technologii nanopórů -- 21.5 Sekvenační zařízení na bázi TIRF mikroskopie -- 21.6 Sekvenační zařízení na bázi elektronové mikroskopie -- 22. Základy genomiky -- 22.1 Mapování lidského genomu -- 22.2 LOD skóre -- 22.3 Genetická mapa člověka -- 22.4 Vazebná rovnováha a vazebná nerovnováha.

22.5 Vazebná nerovnováha a asociační populační studie.

Description based on publisher supplied metadata and other sources.

Electronic reproduction. Ann Arbor, Michigan : ProQuest Ebook Central, 2024. Available via World Wide Web. Access may be limited to ProQuest Ebook Central affiliated libraries.